PT2用カードリーダーとしてSCR3310-NTTComをVISTA x64で使ってたので、普通にVISTA x64でe-taxできるはず〜と思ってたら、意外とハマったのでメモ。
結論から言うと、VISTA x64でe-tax（公的個人認証サービス）をするには、利用者クライアントソフトVer2.3が必要です。
公的個人認証サービス ポータルサイトにある、利用者クライアントソフトはVer2.4で、動作環境にVISTA x64は入っていない。そして確かに動かない。（※Windows7 x64は動くらしい）
ただグーグル先生に聞いてみると、以前はVISTA x64でうまく行ってる事例がチラホラ、、、
ってことで、前のバージョンならうまく行くんじゃないかと思い、Ver2.3を探してインストールしたところ、確かに動作しました。
ちなみにVer2.3はここでダウンロードできました。（2012/02/09現在）
（2013/01/10現在ダウンロードできなくなっているようです。）
ただし、最新版のVer2.4でVISTA x64を動作環境から外した理由は何かあるはずなので、あくまでも自己責任でお願いいたします。